El Museo Egipcio es una de las secciones más antiguas del complejo de la Real Colección de Arte. Bajo la comisión de Alexander von Humboldt, la sección de arte egipcio fue fundada en 1828 durante el reinado de Federico Guillermo III. En 1850 el museo se traslada a un nuevo edificio dentro de los Nuevos Museos de la Isla.
Tras la Segunda Guerra Mundial, y luego de las pérdidas en la colección, ésta fue dividida. Algunas piezas fueron devueltas a la Unión Soviética en 1958 y fueron ubicadas en el Bode Museum. Estos fondos exhiben objetos muy importantes de la cultura y la religión del tercer milenio a.C.
Tras la reagrupación de los fondos en una única colección en 1991, el museo se cierra en febrero de 1998 para ser modernizado. Desde mediados de julio estas secciones de arte egipcio son reintegradas en el Palacio de Charlottenburgo. Entre sus objetos más destacados se encontraba el célebre busto de Nefertiti, que es objeto de controversias por las continuas reclamaciones del Servicio de Antigüedades egipcio exigiendo su devolución.