En Jartum, creado en 1971, ofrece un amplio recorrido por la historia del Sudán, remontándose a los tiempos prehistóricos. Entre sus piezas más destacadas se encuentran las que aluden a la civilización en Kerma, así como las llegadas desde yacimientos como Tuna el-Gebel, Nuri, Kurru, Naga.
La proximidad de la civilización faraónica y la sudanesa, los estrechos contactos de estas culturas y la historia conjunta que vivieron durante algunas épocas, se hace patente de forma especial en las representaciones de algunos monarcas como Taharqo, rey sudanés que dominó Egipto e integrante de la Dinastía XXV, también llamada Kushita o «Dinastía de los Faraones Negros».
La construcción de la presa de Asuán en las proximidades de la Primera Catarata del Nilo implicó que muchos monumentos egipcios y nubios se encontraran en peligro. La UNESCO emprendió entonces un gran proyecto de estudio y salvamento de muchos de estos monumentos, y algunos de ellos se encontraban en territorio sudanés. Estas construcciones fueron trasladadas de su emplazamiento original y reconstruidos en zonas rehabilitadas para este fin en los jardines del Museo Nacional del Sudán. Son, posiblemente, uno de sus mayores atractivos. Así, en el museo puede visitarse el
templo construido por Tutmosis III en Kumma, el de Hatshepsut en Buhen, el de Ramsés II en Aksha, el dedicado al dios Dedun por Sesostris III en Semna y la tumba del gobernador nubio Djehutihotep en Dibeira.
La segunda planta del edificio, casi de forma íntegra, conserva los frescos que fueron arrancados durante la operación de salvamento emprendida por la UNESCO en diversas iglesias cristianas que amenazaban con quedar sumergidas bajo las aguas. Entre ellos destacan el gran conjunto de la catedral de Faras.