Cuando Jacques-Jean-Marie de Morgan nació el 3 de junio de 1857, en Huisseau-sur-Cosson, localidad aledaña al río Loire, vino al mundo una de las personalidades más fascinantes del siglo XIX. Un viajero e investigador riguroso, quien exhumó los restos de la ciudad de Susa, en Mesopotamia, y quien desveló el pasado más remoto del Egipto faraónico, antes de que Sir Flinders Petrie siquiera soñara en descubrir el cementerio áulico de las primeras dinastías egipcias en Abidos.

Su padre Eugene de Morgan fue su primer maestro en las lides de la excavación arqueológica, al dejar que sus hijos Jacques y Henri le acompañaran en el desentierro del famoso yacimiento de Champigny, descubierto en 1868, en el departamento del Sena inferior, el cual da su nombre a la primera fase del Neolítico en Francia. Fue educado formalmente en el liceo de Lons-le-Saulnier por los hermanos Charles y Edouard Toubin, siendo el último quien le guió en las primeras excavaciones de la gran necrópolis de Moidon hasta 1877. Entretanto, la colaboración familiar antedicha continuó exhumando yacimientos paleolíticos, entre los que se cuentan los cementerios de la Picardía y la Normandía. En 1878 le tocó hacer el servicio militar en el regimiento de ingeniería, durante lo cual desarrolló sus dotes para las matemáticas, aprendidas con Eduard Toubin, y, en 1879, ingresó a la Escuela Superior de Minas, en donde siguió su preparación hasta 1882. Gracias a los programas de investigación vigentes por entonces, que prevían viajes al extranjero, De Morgan tuvo la ocasión de visitar los países escandinavos, Austria, Bélgica, Inglaterra y la naciente Alemania. Estos viajes tuvieron poco de turístico y más de estudio, y uno de los resultados de los mismos fue la edición de sus opúsculos sobre geología de escandinavia y de la Bohemia.